羊肚菌菌种是人工栽培羊肚菌的关键。羊肚菌菌种与其他的食用菌一样,分为三级,母种、原种、栽培种,制作的方法也与一般食用菌相同,通常在菌种瓶壁可以看到菌核,菌核的产生是羊肚菌子实体形成的重要阶段,在培养菌种时期,不同的培养基和培养条件对菌核产生的时间和数量有明显的影响。生产者和购买者都应注意观察。由于菌种的制作需要无菌操作,需要灭菌和接种的设施等,建议使用专业机构或公司生产的栽培种,一般的农户不要自己生产。目前使用的多为梯棱羊肚菌、六妹羊肚菌的一些品系。注意从正规的和有信誉的单位购买。菌种瓶打开后注意观察表面是否污染,有绿色、白色等杂菌颜色时要避免使用。